In Enterprise Architect können Packages unter Versionskontrolle gestellt werden (unter Verwendung eines der Folgenden Versionskontrollsystems: SVN, CVS, TFS, alles was SCC compliant ist).
Durch ein Versioniertes Package erhalten Sie laufend Backups Ihrer Modelle (alternativ können auch Base-Lines verwendet werden).
Die Verwendung von versionierten Packages kann auch zur Realisierung von Team-Kollaboration verwendet werden, da ein unter Versionskontrolle stehendes Package nur von einem Client gleichzeitig ausgecheckte sein kann (pessimistisches Versionieren).
Die Kommunikation mit dem Versionskontrollsystem wird von EA übernommen.
Hin und wieder passiert es, dass EA und das Versionskontrollsystem out-of–synch gerät.
Das Resultat ist die Fehlermeldung, dass ein im EA als ausgecheckt markiertes Package eingecheckte werden soll, dies aber nicht geht, weil es bereits eingecheckte ist.
Ab Version 7.5 gibt es den Menüpunkt Re-Synch Status With VC Provider… der EA und das Versionskontrollsystem wieder synchronisiert.